Фамилия Паксяева — редкий пример, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или финно-угорская. Это сразу отличает её от типичных русских фамилий на -ов/-ев, образованных от православных имён или прозвищ. В данном случае корень «Пакся» (или «Паксей») не имеет очевидной славянской этимологии.

Вероятнее всего, в основе лежит мордовское (эрзянское или мокшанское) слово. В эрзянском языке есть слово «паксё» — поле. Соответственно, «Паксяй» или «Паксей» могло быть дохристианским именем или прозвищем, которое давали человеку, жившему в поле, у поля, или земледельцу. Такие имена были распространены у мордвы до массовой христианизации, и позже они переходили в фамилии. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Паксяев» буквально означало «сын Паксяя» или «из рода Паксяевых».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с тюркским именем Баксай или Баксей. В таком случае при переходе в русскую среду начальный звук «Б» мог замениться на «П» (явление, известное в диалектах). Однако мордовский след выглядит убедительнее, поскольку фамилия Паксяева встречается в Поволжье, в регионах традиционного расселения мордвы — в Нижегородской, Самарской, Ульяновской областях, а также в Мордовии.

Фамилия образована по продуктивной русской модели: основа (Паксяй) + суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Пакся́ева. Носители фамилии, судя по географии, в основном русские или обрусевшие мордва, которые сохранили родовое прозвище в качестве фамилии. Сословной привязки нет: фамилия могла появиться и у крестьян, и у служилых людей, если предок получил прозвище по месту жительства или занятию.

В целом, Паксяева — это фамилия-топоним по происхождению, указывающая на связь с землёй и полем, и в этом её региональная и этническая уникальность.