Фамилия Паликян — яркий пример того, как русский язык адаптировал иноязычную фамилию, сделав её частью своей системы. Её основа — армянская, что сразу заметно по суффиксу -ян, одному из самых распространённых в армянской ономастике. Этот суффикс указывает на принадлежность к роду или происхождение, примерно соответствуя русскому окончанию -ов/-ев. Носители фамилии Паликян — потомки армян, чьи предки в разное время переселились на территорию Российской империи, СССР или современной России.

Корень фамилии — «Палик». Это, скорее всего, вариант армянского мужского имени Палик, которое в свою очередь является уменьшительной формой от имени Погос (армянский аналог Павла). Имя Погос, как и русское Павел, восходит к латинскому paulus — «маленький», «скромный». В армянском языке уменьшительные имена с суффиксом -ик (Палик) были широко распространены в народной среде. Соответственно, Паликян означает «из рода Палика» или «потомок Палика».

Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от названия ремесла или места, её носители могли принадлежать к разным сословиям. В армянской среде фамилии на -ян не были прерогативой знати или крестьянства — их носили все, кто имел отчество от имени отца. Первые письменные фиксации фамилии Паликян стоит искать в метрических книгах армянских церквей на юге России, в Крыму и на Кавказе, где армянские общины были особенно многочисленны. В русском языке фамилия сохранила исконное ударение на последний слог — Паликя́н, что также выдает её нерусское происхождение.