Фамилия Палубинский — редкий пример, где географическая привязка спорит с прозвищной основой, и обе версии имеют равное право на жизнь. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ин, суффикс -ский указывает на связь с географическим названием, но не всегда на дворянское происхождение: в Польше, Беларуси и на западе России такую модель активно использовали и крестьяне, и мещане.

Первая и самая прямая версия — топонимическая. Фамилию могли получить выходцы из населённого пункта с названием Палубы, Палубино или похожим. Такие топонимы встречаются в исторических документах на территории современной Беларуси и Польши. Корень «палуб-» в славянских языках многозначен: это и «палуба» (крытая повозка, верхняя палуба корабля), и диалектное «палубить» — «крыть, настилать». Если поселение называли Палубы, оно могло возникнуть как место, где делали палубы для телег или строили крытые навесы.

Вторая версия — от прозвища Палуба. В старину так могли назвать человека плотного телосложения (от «палуба» — «толстая доска, настил») или, наоборот, того, кто занимался изготовлением палуб для судов и возов. В польской ономастике фамилия Pałubiński (с ударением на второй слог) встречается чаще, что указывает на возможное польское происхождение: суффикс -инский типичен для шляхетских фамилий, но со временем распространился и среди других сословий. В русском произношении ударение могло сместиться, и фамилия закрепилась как Палубинский.

Спорных версий здесь немного — корень прозрачен, и экзотические трактовки (например, от личного имени Палуба) не имеют надёжных источников. Социальный контекст фамилии неоднороден: в XIX веке Палубинские фиксируются и среди мелкопоместной шляхты Могилёвской губернии, и среди крестьян Черниговщины. Это говорит о том, что фамилия не была закреплена за одним сословием, а возникала в разных местах независимо.

Особенность фамилии — её редкость и «говорящая» форма: человек, впервые слышащий «Палубинский», почти безошибочно догадывается, что корень связан с чем-то настилаемым или покрытым. Это нечастое свойство для фамилий на -ский, которые обычно затемняют этимологию.