Фамилия Палубина — редкий случай, когда на первый взгляд очевидная основа оказывается не такой простой. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — палубин), остаётся корень «палуб-». Самое прямое объяснение — от слова «палуба»: перекрытие на судне, настил, верхняя часть корабля. Казалось бы, предок мог быть корабелом или плотником, строившим палубы, либо матросом, работавшим на ней. Но есть загвоздка: профессиональные прозвища от «палубы» в русских говорах почти не встречаются, а фамилии от названий частей корабля единичны и обычно относятся к северным поморским регионам.

Более правдоподобна версия, что в основе лежит не морской термин, а диалектное слово. В некоторых говорах «палуба» означала «кузов», «короб», «лукошко» или «колода» — долблёное корыто, улей. Человека могли прозвать Палубой за его занятие: изготовление деревянной посуды, коробов, бондарное ремесло. Или же прозвище носило бытовой, ироничный характер — так могли назвать неуклюжего, грузного человека, похожего на колоду. Суффикс -ин в таких случаях типичен для северных и центральных областей России.

Встречается и третья, менее распространённая гипотеза: связь с глаголом «палубить» — в некоторых диалектах «валить лес», «рубить». Тогда Палуба — это лесоруб или дровосек. Однако эта версия слабее, так как глагол редок, а фамилия от него не зафиксирована в старых документах.

Географически фамилия Палубина встречается редко, преимущественно в центральных и северо-западных регионах России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение — не от литературного «палуба», а от местных слов. Интересно, что фамилия имеет женскую форму (Палубина), а мужской вариант — Палубин — остался в тени. Среди однокоренных фамилий можно назвать Палубов, Палубский, но Палубина стоит особняком из-за своего суффикса, который часто указывает на конкретного человека по его прозвищу. В итоге, скорее всего, предок носителя этой фамилии был не капитаном, а простым ремесленником, делавшим деревянную утварь, или же обладателем крепкого, «колодного» телосложения.