Фамилия Памукова — женская форма фамилии Памуков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Памук. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев образуются от отчества: Памуков буквально означает «сын Памука». Но что скрывается за этим корнем?

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «памук» (варианты: pamuk, pambyk) означает «хлопок». Прозвище Памук могли дать человеку за мягкий, «пушистый» характер, за светлые волосы (сравнение с белым хлопком) или за род занятий — торговцу хлопком, ткачу или красильщику, работавшему с хлопчатобумажной тканью. На юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе, где веками жили тюркские народы, такие прозвища были обычны и легко переходили в фамилии.

Реже фамилию связывают с арабским именем Памук (производное от «прославленный»), но это менее убедительно: в русской ономастике арабские имена чаще давали фамилии через суффикс -ин (Памукин), а не -ов. Кроме того, встречается фамилия Памуков у болгар, где «памук» — то же слово, заимствованное из турецкого. Это указывает на возможное балканское ответвление фамилии.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но в данном случае он «прирос» к нерусской основе. Носители фамилии Памукова сейчас встречаются в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в среде кубанских казаков, где тюркские заимствования в прозвищах — не редкость. Однокоренные фамилии — Памуков, Памукян (армянская), Памукчиев (болгарская, от «памукчи» — хлопкороб). В отличие от них, Памукова сохранила именно русскую модель образования, что говорит о давней ассимиляции предков в русскоязычной среде.