Фамилия Панамарь — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось, а суффикс отсутствует. В русской традиции фамилии на -арь, -ырь, -ун обычно фиксировали прозвище по занятию, и здесь основа прозрачна: «панамарь» — это диалектный или старый вариант слова «пономарь». Так называли церковнослужителя низшего чина, в обязанности которого входило звонить в колокола, зажигать свечи, прислуживать в алтаре и следить за порядком в храме. В быту слово часто искажали: вместо «пономарь» говорили «панамарь» или «паломарь» — это народная переделка, закрепившаяся в фамилии.

Обычно такие фамилии образовывали с помощью суффикса -ов или -ин: Пономарёв, Пономаренко, Панамарёв. Но Панамарь — это «чистое» прозвище без оформления, типичное для украинской и южнорусской среды, где фамилии на -арь встречаются чаще (например, Кобзарь, Бондарь). Вероятно, предок был пономарем, но прозвище прижилось в семье именно в такой огласовке — через «а» в первом слоге. Это не ошибка письма, а живое произношение, которое позже попало в документы.

Встречается фамилия в основном на юге России и в восточной Украине — в Курской, Белгородской, Харьковской областях. В старых ревизских сказках и метрических книгах XIX века можно найти крестьян и мещан с этой фамилией, и почти всегда в графе «сословие» стоит «церковнослужитель» или «из поповичей», что подтверждает профессиональное происхождение. Сравнение с однокоренными фамилиями (Панамарёв, Панамаренко) показывает, что Панамарь — наиболее архаичная форма, сохранившая исходное прозвище без изменений.