Фамилия Панчишкин — редкий случай, когда даже опытный ономаст замедлится, чтобы разобрать её по косточкам. С первого взгляда видна модель с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Панчишкин, то есть сын или потомок Панчишки. Но что скрывается за основой «Панчишк-»? Здесь и кроется главная загадка.

Самая вероятная версия ведёт к каноническому имени Панкратий (или Пантелеймон). В народной речи эти имена дробились на множество уменьшительных форм: Паня, Панюта, Панша, Панча. Форма Панчишко (или Панчишка) — это уже вторичное уменьшительное, образованное с помощью суффикса -ишк-, который в русских говорах часто придавал слову ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок. Если Панча — это ласкательное от Панкратия, то Панчишко — «маленький Панча» или «Панча, которого жалеют». Фамилия Панчишкин буквально значит «сын Панчишки».

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с прозвищем от глагола «панчить» или «панчиться». В некоторых южнорусских и украинских говорах «панчить» означало «важничать, вести себя по-пански, подражать пану». Человек, который «панчил», мог получить прозвище Панчишко, а его потомки — фамилию Панчишкины. Однако эта версия слабее: суффикс -ишк- редко участвует в образовании прозвищ от глаголов, чаще он работает именно с личными именами.

Географически фамилия тяготеет к югу России, в частности к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к востоку Украины. Именно в этих краях была сильна традиция образования фамилий от уменьшительных форм имён с суффиксом -ишк- (сравните: Фомишкин, Ваничкин, Демишкин). Панчишкин — не исключение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Панчишкин стоит в одном ряду с Панковым, Панютиным, Паншиным и Панчевым. Все они восходят к одному корню — имени Панкратий или Пантелеймон, просто каждая ветвь застыла на своей стадии народного сокращения. Панчишкин — самая «мелкая» и ласкательная форма среди них, что говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком невысокого социального статуса или просто младшим в семье, кого называли уменьшительно-ласкательным именем.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Панчишкины встречались и среди крестьян, и среди мещан. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия чаще всего фиксировалась у государственных крестьян центрально-чернозёмных губерний. Никаких громких исторических деятелей с такой фамилией не известно, что только подтверждает её народное, «низовое» происхождение.