Фамилия Панчишка — редкий и выразительный пример, где нестандартное окончание сразу выбивается из привычного ряда. В русской ономастике подавляющее большинство фамилий оформлено суффиксами -ов, -ев, -ин или -ский. Здесь же мы видим окончание -ка, которое характерно скорее для украинской или белорусской традиции, где фамилии часто образовывались от прозвищ с уменьшительно-ласкательными суффиксами -ишк-, -ушк-, -к-. Таким образом, Панчишка — это, скорее всего, не исходная форма, а украинизированное или белорусизированное производное от имени Пантелеймон или Панкрат (в просторечии — Панча, Панько). Суффикс -ишк- придаёт слову оттенок уменьшительности или, в некоторых говорах, пренебрежительности, но в фамилиях он закрепился как нейтральный фамильный показатель.

Основа «Панч-» восходит к каноническому имени Пантелеймон (греч. «всемилостивый») или Панкратий (греч. «всесильный»). В народной среде эти имена сокращали до Паня, Панча, Панька. От такой обиходной формы и возникло прозвище Панчишка — «маленький Панча» или «сын Панчи». В дальнейшем прозвище закрепилось за потомками как фамилия. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «панч» (в некоторых говорах — «панчоха», то есть чулок), но для этого нет устойчивых лексических оснований.

Географически фамилия Панчишка тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современные Украина, Беларусь, а также юго-западные области России (Брянская, Смоленская). Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного родового гнезда. Носители фамилии в XIX веке относились в основном к крестьянскому или мещанскому сословию, без выраженной дворянской прослойки. Сословных привилегий такая фамилия не давала, но зато сохранила живой, разговорный оттенок, который не стёрся даже после официальной записи в метриках.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Панченко, Панчук, Паньков, — то Панчишка стоит особняком: она не перешла в типовые модели на -ов или -енко, а законсервировала исходное прозвище почти без изменений. Это редкий случай, когда фамилия звучит так же, как звучало бы обращение к человеку в быту.