Фамилия Пандурова — редкий пример, где женская форма прочно закрепилась в документах, но разбирать её логичнее с мужского варианта Пандуров. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Пандур. Происхождение этого слова неочевидно, и здесь есть несколько линий, которые стоит рассмотреть.

Самая прямая версия — от слова «пандура» (или «пандури»). Это грузинский и вообще кавказский струнный щипковый музыкальный инструмент, родственник русских гуслей или украинской бандуры. Мастер, игравший на пандуре, или, скорее, тот, кто их изготавливал, мог получить прозвище Пандур. Такая модель образования фамилии от названия музыкального инструмента встречается и в других славянских культурах (например, фамилия Гусляр, Скрипаль). Однако суффикс -ур- в русском языке не характерен для обозначения профессии, что делает эту версию возможной, но не единственной.

Вторая, и более вероятная с точки зрения словообразования, версия — тюркская. В тюркских языках есть корень «пандур» или «бандыр», означающий «медный», «медный кувшин» или «сосуд». В этом случае Пандур — прозвище человека, торговавшего медной посудой, либо мастера-медника. Учитывая активные контакты русского населения с тюркскими народами в южных регионах и Поволжье, такой вариант выглядит убедительнее. Фамилии, образованные от названий ремесленных инструментов или продуктов труда, — одна из самых частых моделей.

Третья, менее очевидная, но не исключённая версия — от греческого слова «пандура», которое в древности обозначало трёхструнный музыкальный инструмент. Это слово через греческое посредничество могло попасть в лексику населения Причерноморья и Крыма. В таком случае носители фамилии могли быть связаны с греческой диаспорой или регионами, где греческое влияние было сильным.

Фамилия Пандурова — нерусская по корню, но полностью русская по форме. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Пандуров — сын Пандура. Такие фамилии обычно закреплялись за крестьянами или посадскими людьми, то есть за теми, кто не принадлежал к высшему дворянству, но имел устойчивое прозвище по занятию или внешнему признаку. Встречается эта фамилия в основном в южных областях России и в Поволжье, что косвенно подтверждает и тюркскую, и инструментальную версии.