Фамилия Панфа — редкая и неочевидная для русского уха. Первое, что бросается в глаза: в ней нет типичного фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский). Это значит, что перед нами не «сын Панфы», а застывшая форма — скорее всего, прозвище или переосмысленное иностранное имя, которое записали без изменений.

Самая прямая версия — происхождение от канонического имени Панфил. В русской традиции это имя нередко сокращали: Панфил → Панфа. Такое усечение конца характерно для обиходной, деревенской речи (ср. Агафа вместо Агафья, или Фока вместо Фотий). Если так, то основа фамилии — разговорная форма греческого имени Πάμφιλος (Памфилос), что значит «всеми любимый». Предок мог быть Панфилом, которого в быту звали Панфа, и это прозвище закрепилось за его потомками.

Вторая гипотеза — иноязычный корень. Фамилия Панфа встречается на юге России и в украинских землях, где могла возникнуть из тюркского или крымскотатарского прозвища. В тюркских языках есть корень «пан» (господин, владыка) и слово «фа» (свет, сияние) — вместе они могли дать прозвище вроде «сияющий господин». Однако эта версия менее вероятна: фамилия слишком редка, а её звучание почти полностью совпадает с русским сокращением от Панфила.

С точки зрения словообразования, Панфа — это фамилия без патронимического суффикса, так называемая «неоформленная». Такие фамилии обычно давали либо одному конкретному человеку по его личному прозвищу, либо выходцам из других языковых сред, где отчества не образовывали с помощью -ов. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: Панфа мог быть и крестьянином, и мещанином, и священником (имя Панфил было популярно в духовной среде).

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает первую версию. Панфилов и Панфиловский — массовые фамилии от полной формы имени. Панфа — их редкий «младший брат», сохранивший народное произношение. Встречается она точечно, в основном в центральных и южных областях России, а также у украинцев. В официальных документах XIX века её могли записать на слух как Панфа, а не Панфил, что и закрепило необычную форму.