Фамилия Панфин — редкий случай, когда написание даёт ключ к разгадке быстрее, чем корень. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Панфилов, но суффикс -ин вместо -ов меняет историю.

Основа фамилии — каноническое имя Панфил (от греческого «панфилос» — «всеми любимый»). В русских святцах оно было, но в народе чаще использовали краткие формы: Панфил, Панфилка, Паня, Филя. От полной формы Панфил образовались фамилии Панфилов, Панфильев, а вот Панфин — это отчество от просторечного варианта Панфа. Так в быту могли называть человека по имени Панфил, отсекая конец: Панфа → сын Панфин.

Суффикс -ин в этой фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Панфин, то есть сын Панфы. Это типичная модель для имён, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Илья — Ильин, Кузьма — Кузьмин). Если бы фамилия пошла от полной формы Панфил, мы бы получили Панфилов (с суффиксом -ов, как у Петров, Иванов). Выбор Панфин говорит о том, что предка в быту звали именно Панфа.

Географически фамилия не привязана к одному региону, но встречается редко, что указывает на локальное происхождение — вероятно, из одной семьи или небольшой группы переселенцев. В дореволюционных переписях Панфины чаще всего записаны как крестьяне или мещане центральных губерний России. Других версий происхождения (например, от прозвища «панфил» в значении «простак» или от географического названия) нет — все нити ведут к имени Панфил, сокращённому до Панфы.