Фамилия Панферьев — классический пример русской фамилии, образованной от канонического имени, но с неожиданным фонетическим поворотом. Основа здесь — имя Панфер, которое является народной, разговорной формой крестильного имени Парфений. В русской языковой среде греческое имя Παρθένιος (Парфений) переосмыслили: «р» перешло в «н», а ударение сместилось — так появилось Панфер.

Модель образования типична для центральной России: суффикс -ев указывает на «сына» или «потомка» человека по имени Панфер. Фамилия Панферьев, таким образом, означает «принадлежащий Панферу». В дореволюционных документах можно встретить и вариант Панферов, но форма с -ев закрепилась как основная, вероятно, из-за мягкого произношения конечного «р» в имени.

В ономастике это не единичный случай: параллельные фамилии Парфёнов, Перфильев и Панкратьев (от Панкратий) демонстрируют, как народная этимология и удобство произношения меняли облик греческих имен на русской почве. В отличие, скажем, от фамилии Парфёнов, где основа осталась ближе к исходнику, Панферьев показывает более глубокую переработку имени.

Владельцы фамилии Панферьев в XVI–XVII веках могли быть крестьянами или посадскими людьми, жившими в центральных и северных уездах Московского государства. Данных о массовом дворянском происхождении этой фамилии нет, что указывает на её «низовое», бытовое возникновение — имя давали в крестьянской или мещанской среде. Географически фамилия чаще встречается в Вологодской, Костромской и Нижегородской областях, что совпадает с зонами активного бытования имени Панфер в XVI веке.

Если ваш предок носил фамилию Панферьев, то, скорее всего, он происходил из среды, где имя Парфений переделали на свой лад, и эта форма передалась по наследству. Никакой тайны или благородного мифа здесь нет — только живая работа русского языка над чужим словом.