Фамилия Панковец — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённого места: «откуда человек». Если Панков — сын или внук Панка (народная форма имени Пантелеймон или Панкратий), то Панковец — это «тот, кто из Панково». То есть предок носителя фамилии переселился из села, деревни или хутора с названием Панково, Панковка или Панковичи, и за ним закрепилось прозвище по месту прежнего жительства.

Такая модель образования — через суффикс -ец — типична для западных и южных регионов бывшей Российской империи. Особенно много фамилий на -ец в Беларуси, на западе Украины, в Польше. Панковец мог появиться в среде, где было принято приписывать человеку название его родного села. А сами топонимы Панково, Панковка происходят от имени владельца или первопоселенца — некоего Панка, что снова отсылает к каноническим именам Пантелеймон (в народе Пантелей, Пантюха, Панько) или Панкратий (Панкрат, Панкрашка). Пантелеймон в народном сознании ассоциировался с целителем, но в быту имя давали без особого сакрального подтекста — просто как одно из распространённых крестильных имён.

По сословной принадлежности Панковцы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянские фамилии на -ец в центральной России встречаются, но реже, и обычно имеют книжное происхождение (например, от названий городов). Здесь же мы видим бытовую, «географическую» модель, которая работала в среде, где человеку давали прозвище по деревне, из которой он пришёл на новое место.

В написании фамилия устойчива: ударение, судя по аналогиям (Панкове́ц, а не Па́нковец), падает на последний слог. Вариант через «а» (Панковец) — единственно верный, и путать с фамилией Понковец не стоит: это разные корни. Если ваш предок носил фамилию Панковец, то, скорее всего, его родня до середины XIX века жила в одном из сёл с корнем «Панк-» на территории современной Беларуси или западной Украины, а затем кто-то из семьи перебрался в другой регион, где и получил это прозвище, закрепившееся в документах.