Фамилия Паньковець — характерный пример украинской ойконимической фамилии, то есть образованной от названия населённого пункта. В основе лежит топоним Паньковцы или Паньковец, а тот, в свою очередь, происходит от имени Панько — уменьшительной формы канонического имени Панкратий (от греческого «всевластный»). В украинской традиции суффикс -ець указывает на принадлежность к месту: Паньковець — это буквально «житель села Паньковцы» или «выходец из Панькова».

Важно не путать эту модель с великорусскими фамилиями на -ов/-ев. Украинский суффикс -ець (в отличие от русского -ец) часто оформлял именно прозвище по месту жительства, а не патроним. Поэтому Паньковець — не «сын Панька», а «человек из Паньковцев». Таких сёл и хуторов с корнем Паньк- на территории современной Украины несколько: например, Паньковцы в Хмельницкой и Львовской областях. Фамилия закрепилась за теми, кто переселился в другое место и получил прозвание по прежнему месту жительства.

Форма Паньковець с мягким знаком на конце — строгая украинская орфография, указывающая на мягкость согласного. В русскоязычной среде фамилию могли адаптировать как Паньковец, но исходный вариант однозначно говорит об украинском происхождении носителя. С точки зрения словообразования, это типичная «миграционная» фамилия: она не описывает профессию или внешность предка, а привязывает его к конкретной географической точке. Среди однокоренных — Панько, Паньков, Панькевич, но Паньковець стоит особняком именно из-за прозрачной связи с топонимом.