Фамилия Паньковецкая — женская форма фамилии Паньковецкий, и её разбор стоит начать не с корня, а с редкого суффиксального оформления. Модель на -ецк-ий/-цк-ий в русских фамилиях указывает на географическое происхождение: такую фамилию давали человеку, который переехал из поселения с названием Паньково, Паньковичи или Паньковцы. Суффикс -ецк- (в отличие от более массового -овск-) встречается реже и часто выдает западные или юго-западные корни носителя — земли бывшего Великого княжества Литовского, современные Беларусь, Украина, западные области России.

Основа фамилии — Панько, уменьшительная форма от имени Пантелеймон или Панкратий. В народной среде имя Пантелеймон (от греческого «всемилостивый») сокращали до Паня, Панька, Панько. Соответственно, Паньковец — это «житель Панькова» или «выходец из села, где жили Паньки». Поскольку фамилии на -цкий/-цкая в основном носили шляхта и духовенство, можно предположить, что предок Паньковецкой мог быть мелким землевладельцем или священником, получившим фамилию по месту службы или владения.

В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова фамилии на -цкий отмечены как характерные для поляков и украинцев, но в России они закрепились за выходцами из Речи Посполитой после разделов Польши. Таким образом, Паньковецкая — не случайная фамилия, а маркер миграции: предки, вероятно, переселились с запада в центральные или восточные губернии в XVII–XIX веках, сохранив в фамилии память о покинутом хуторе или деревне.

Встречается фамилия и в варианте Паньковецкий (мужская форма), причем ударение может падать на второй или третий слог — это зависит от местной традиции. Сравнение с однокоренными фамилиями Паньков, Панько, Панькевич показывает, что Паньковецкая стоит особняком: она не указывает на отчество или профессию, а привязана к конкретному топониму, что делает её более редкой и локализованной.