Фамилия Паньковец не слишком распространена, и её происхождение, скорее всего, связано с западнорусскими или украинскими землями. Главная улика — суффикс -ец, который в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и почти всегда указывает на географическое прозвище. Человек по прозвищу Паньковец — это выходец из населённого пункта с названием вроде Паньков, Паньково или Паньковичи. Такие топонимы встречаются на Украине (например, село Паньковцы в Хмельницкой области) и в Беларуси. Основа у них одна — имя или прозвище Панько.

Панько — это народная, уменьшительная форма от канонического имени Панкратий (греч. «всевластный»). В старину имя было ходовым, особенно в среде крестьянства и казачества, где греческие «высокие» имена часто переделывали на свой лад. Реже, но тоже возможно, что Панько — это производное от слова «пан» (господин, помещик), но для уменьшительной формы это менее характерно: скорее назвали бы Панок или Паник, а не Панько. Поэтому версия с Панкратием надёжнее.

Таким образом, первый носитель фамилии Паньковец, по всей видимости, не был потомком пана, а был человеком, который переселился в другое место и получил прозвище по названию своей малой родины: «Пришёл оттуда, где живут Паньки» или «из села Паньков». Суффикс -ец в таких фамилиях (сравните: Полтавец, Витеблец, Могилевец) работал как указатель на «чужого», пришлого человека. Фамилия закрепилась, когда этот переселенец или его дети осели на новом месте и передали прозвище уже как родовое имя.

С точки зрения словообразования, Паньковец — это типичная «топонимическая» фамилия, которая прошла путь: имя Панько → название деревни Паньковичи/Паньково → прозвище жителя Паньковец. Встречается она в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её географические корни. Говорить о принадлежности к какому-то одному сословию сложно: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак — всё зависело от того, кто именно переселялся.