Фамилия Папьев происходит от имени или прозвища Папа, Папей. В основе лежит либо крестильное имя Паппий (от греческого «паппас» — отец, наставник), либо уменьшительная форма от канонического имени Павел, Пафнутий или Папий. Второй вариант встречается чаще: в быту Павлов, Пафнутьевых и Папиевых называли сокращённо — Папа, Папей, а потом закрепился суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Папьев.

Суффикс -ев (а не -ов) появляется после мягкого согласного или йота. В фамилии Папьев основа оканчивается на -й (Папей), поэтому образовалась форма Папьев, а не Папов. Такая модель типична для русских фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на -ей, -ай: Алексеев, Андреев, Матвеев. Папьев стоит в том же ряду, что и фамилии Папин, Папков, Папченков — все они восходят к одному корню, но через разные суффиксы.

Географически фамилия редкая, встречается в центральных и северных областях России, а также среди старообрядцев, у которых были популярны неканонические формы имён. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Папа или Папей — в переписных книгах Вологды, Костромы и Архангельской губернии. Чаще всего это были люди незнатного происхождения: фамилия не дворянская, не княжеская, а бытовая, крестьянская или мещанская.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского слова «папа» (отец) или «пап» (священник), но для русской фамилии это нетипично. Скорее всего, корень чисто славянский или греко-византийский, пришедший через церковные имена.

Таким образом, фамилия Папьев — это отчество от краткой формы имени Папей, которое в свою очередь восходит к Павлу, Пафнутию или Папию. Носитель фамилии — потомок человека, которого в быту звали Папей, то есть «маленький Павел» или «сын Павла».