Фамилия Папынов — наглядный пример того, как в русском языке из бытового прозвища может вырасти полноценная родовая фамилия. Её основа — слово «папа» в значении «отец», «батюшка». Однако в фамилии, в отличие от прямого родственного обращения, это слово почти наверняка играло роль прозвища. Прозвище Папа мог получить человек, который был главным в семье, старшим, или же тот, кто отличался отеческой заботливостью, покровительственным тоном. В некоторых говорах «папой» называли не только отца, но и деда, а также священника (батюшку), так что не исключена и связь с духовным сословием.

Словообразовательная модель здесь классическая: к основе «папа» прибавлен суффикс -ын, а затем фамильный суффикс -ов. В результате получилась форма Папынов, где «Папын» — это притяжательное прилагательное («чей?» — «папин»), а конечное -ов — типичный русский фамильный показатель. Таким образом, Папынов буквально означает «сын Папы» или «потомок того, кого звали Папа». Это одна из тех фамилий, где суффикс -ын сохранился в составе (сравните: Бородин, Ильин), но затем к нему добавили ещё один фамильный суффикс, что встречается реже.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в результате прозвища, данного не самому предку, а его отцу. Если человека звали, скажем, Иван, а его отца — Папа (в смысле уважительного или шутливого обращения), то сына могли называть Иваном Папыновым, то есть «Иваном, Папиным сыном». Позже это закрепилось за всем родом.

Географически фамилия Папынов встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это указывает на её исконно русское, крестьянское происхождение: в этих краях прозвища по родству были особенно распространены. В дворянских или купеческих родах такая фамилия не фиксируется — это фамилия простого люда, где ласковое или уважительное «папа» могло стать именем на всю жизнь.

В ономастических справочниках фамилия не имеет альтернативных версий толкования: все исследователи сходятся на производности от слова «папа». Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями здесь нет — это чисто славянская модель, где основа — прямое родственное обращение.