Фамилия Парфене — редкий пример фамилии, которую не «обрусели» до конца. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, Парфене сохранила форму, близкую к исходному имени. Это не ошибка переписи и не позднее заимствование, а архаичная модель, уходящая корнями в допетровскую эпоху.

Основа фамилии — каноническое крестильное имя Парфений (от греческого parthenos — «девственный», «чистый»). В русском быту имя звучало как Парфен, а в народной речи — Парфён, с ударением на последний слог. От этого разговорного варианта и пошла фамилия. Суффикса в привычном понимании здесь нет: окончание -е — это застывшая форма родительного или предложного падежа древнерусского склонения. То есть Парфене буквально значит «из рода Парфена» или «принадлежащий Парфену». Такие «падежные» фамилии (ср. Черных, Дурново, Благово) встречаются в основном в среде духовенства и северных крестьян, но Парфене — случай ещё более узкий: это вариант, характерный для старообрядческих общин и некоторых регионов Русского Севера, где долго держались старые говоры.

В писцовых книгах и переписных листах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться по-разному: Парфенов, Парфентьев, Парфенин. Форма Парфене — либо результат фонетического сжатия (выпадение -ов), либо сознательное сохранение «книжного» звучания, свойственного грамотным людям той эпохи. В любом случае, предок носителя этой фамилии был, скорее всего, человеком грамотным — приказным, священником или дьячком, который записал свою фамилию так, как считал правильным по церковным канонам, а не как диктовала бытовая речь.

Сегодня фамилия Парфене — большая редкость. Встречается она преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, но единичными семьями. Второй версии происхождения — от прозвища или географического названия — нет: имя Парфений настолько прозрачно в этимологии, что искать иной корень не имеет смысла.