Фамилия Паршунина происходит от простонародной формы Паршуня. Так на Руси в быту называли человека, носившего одно из христианских имён: Парамон, Пармен или Парфений. Первые два имени в переводе с греческого означают «надёжный, верный», а Парфений — «целомудренный, девственный». В повседневной речи длинные и торжественные церковные имена часто сокращали до коротких и удобных форм, поэтому Парамон и Парфений легко превращались в Паршу, а затем и в Паршуню.

Сама фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: к основе Паршуня добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. То есть Паршунин буквально означает «сын Паршуни», «ребёнок Паршуни». Такая модель была распространена в среде простых людей — крестьян и посадских, где фамилии часто закреплялись по имени отца. Поэтому, скорее всего, основатель рода Паршуниных не принадлежал к знатному сословию, а был человеком из простого народа, которого в документах и бытовом общении называли Паршуней.

Стоит отметить, что ударение в фамилии может падать на второй слог, на «у», что характерно для северных и сибирских говоров, где такие формы имён были особенно употребительны. В отличие от фамилий на -ов, которые тоже образовывались от отчеств, форма на -ин чаще встречалась там, где основа оканчивалась на гласный или мягкий согласный, как в случае с Паршуней. Таким образом, фамилия сохранила память о конкретном человеке, жившем несколько столетий назад, и о той живой языковой среде, где длинные греческие имена уживались с короткими и тёплыми домашними прозвищами.