Фамилия Пашунин образована от имени или прозвища Пашуня. В основе лежит хорошо знакомая модель с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей сын?» — Пашунин, то есть сын Пашуни. Само имя Пашуня — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического крестильного имени Павел (в переводе с латыни — «малый», «скромный»). Так в быту называли младшего сына, небольшого ростом ребенка или просто того, кого хотели назвать ласково.

Суффикс -ун- в основе не случаен. В русских именах и прозвищах этот формант придавал слову оттенок действующего лица или носителя характерного признака: «говорун», «крикун». Пашуня — не просто уменьшительное от Павел, а, скорее, «тот, кто часто Павел» или «маленький Павел», с оттенком привычности. Такая модель встречается реже, чем простые формы вроде Паша или Павлуша, что делает фамилию Пашунин более редкой и локальной.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Архангельской области, Костромскому краю. Это косвенно подтверждается распространенностью суффикса -ин в этих регионах и наличием однокоренных фамилий (Пашунов, Пашуткин) с той же территориальной привязкой. В южных и западных землях чаще встречались формы на -енко или -ук, так что Пашунин — типично севернорусский вариант.

С социальной точки зрения носитель фамилии мог быть крестьянином, ремесленником или служилым человеком. Фамилии на -ин в XVI–XVII веках не были привилегией знати — их носили и посадские люди, и черносошные крестьяне. При этом форма на -ун- в основе (Пашуня) скорее бытовала в среде, где ценилась простота и меткость прозвища, а не книжная торжественность.

Встречается и версия, что Пашуня могло быть не от Павла, а от глагола «пахать» — прозвище пахаря. Но она менее убедительна: глагольные прозвища обычно оформлялись суффиксом -арь (пахарь) или -ак (пахак), а Пашуня звучит именно как личное имя. К тому же в старых переписных книгах Пашуня фигурирует как вариант имени Павел, а не как прозвище по занятию.