Фамилия Парубенко — характерный пример восточноукраинской модели фамилий, образованных от прозвища с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике это самый распространённый способ создания фамилий, особенно на Левобережье и в Слобожанщине, где суффикс -енко буквально значит «сын» или «потомок». Таким образом, Парубенко — «сын Паруба», то есть потомок человека, носившего прозвище Паруб.

Основа фамилии — украинское слово «парубок» (парень, юноша, холостой молодой человек). Прозвище Паруб, от которого пошла фамилия, могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — возрастная и социальная: так могли называть взрослого, но неженатого мужчину, что в традиционной крестьянской среде было заметной характеристикой. В некоторых говорах «парубок» имело и более узкое значение — работник, батрак, который ещё не обзавёлся своим хозяйством. Соответственно, Парубенко — потомок такого холостого или наёмного работника.

Интересно, что фамилия Парубенко не имеет параллелей с великорусскими моделями на -ов/-ев, что сразу указывает на её территориальное происхождение. Её однокоренные «родственники» — Парубок, Парубченко, Парубчак — все они сконцентрированы в основном в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Сумской областях. В России эта фамилия встречается редко и почти всегда связана с переселенцами с Украины в XVIII–XIX веках, например, на Кубань или в Воронежскую губернию.

В словообразовательном плане фамилия прозрачна: усечённая основа «паруб-» (от «парубок») плюс типичный украинский суффиск -енко. Вариант написания с одной буквой «б» (Парубенко) исторически сложился из-за того, что в живой речи и при записи фамилий в метрических книгах двойные согласные часто упрощались. Правильная этимологическая форма — от «парубок», но в фамилии закрепился сокращённый вариант, что нормально для антропонимии. Никакого отношения к глаголу «парубить» (нарубить) или другим корням эта фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение.

Сословного барьера у фамилии не было: Парубенко встречались и среди казацкой старшины, и среди крестьян, и среди мещан. В реестрах Запорожского войска XVII–XVIII веков попадаются казаки с таким прозвищем, но массово фамилия распространилась после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам отцов.