Фамилия Пасекунов — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную глагольную основу. В её центре — украинский или южнорусский глагол «пасекать» (или «пасекувати»), который означает «сечь», «рубить», «бить», «хлестать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть резким в обращении, вспыльчивым, либо, напротив, тем, кто постоянно «сечёт» — то есть быстро соображает, режет правду-матку. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с пчеловодством: «пасека» — место для ульев, а «пасекун» — работник на пасеке. Но тогда форма была бы скорее Пасечников или Пасекин. Глагольная основа «сек-» (от «сечь») здесь доминирует.

Суффикс -ун- в русских и украинских фамилиях указывает на деятеля: хвастун, бегун, крикун. Пасекун — тот, кто пасекает. Суффикс -ов превратил прозвище в фамилию: буквально «сын Пасекуна». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, особенно для тех, что возникли в среде казачества и крестьянства, где прозвища давали по действиям и характеру, а не по профессии или отцу.

Фамилия преимущественно украинская, с концентрацией в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России (Кубань, Ростовская область), куда переселялись украинцы. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище Пасекун могло закрепиться в одной-двух слободах или станицах, а затем разойтись с потомками.

С точки зрения словообразования, Пасекунов стоит в ряду таких фамилий, как Сечков, Сеченов, Рубанов. Но если в основе «рубан» — от «рубить», то «пасекун» — более редкий, диалектный вариант, сохранивший приставку «па-», которая в украинском языке часто придаёт глаголу значение интенсивности или многократности действия. Таким образом, фамилия буквально означает «тот, кто постоянно или сильно сечёт». Никаких дворянских корней, никакого сложного социального контекста — просто меткое прозвище человека с крутым нравом или острым языком, которое закрепилось за его родом.