Фамилия Пасекун — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а суффикс указывает на украинское или южнорусское происхождение. Модель образования здесь прозрачна: основа «пасек-» и типичный для восточнославянских фамилий суффикс деятеля «-ун». В украинском и белорусском языках суффикс «-ун» активно используется для обозначения человека по характерному действию или занятию: бегун, крикун, молчун. Пасекун — тот, кто занимается пасекой, то есть пчеловод, пасечник.

Слово «пасека» в русском языке имеет древнюю историю. Первоначально так называли место в лесу, где вырубали (секли) деревья для установки ульев. Отсюда и корень «сек-» (сечь, рубить). Со временем значение сузилось до специально оборудованного участка для содержания пчёл. Таким образом, Пасекун — это не просто «человек с пасеки», а именно деятель, активный пчеловод, возможно, даже тот, кто сам обустраивал пасеку, вырубал для неё место.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. Встречается в Воронежской, Белгородской, Ростовской областях, на Кубани, а также в центральных областях Украины. В северных или сибирских регионах она практически не фиксируется, что подтверждает её связь с традиционным пчеловодством в лесостепной и степной зонах.

Интересно, что у фамилии есть фонетический двойник — Пасекун. В некоторых говорах, особенно украинских, твердый «к» перед «у» мог смягчаться, но написание «Пасекун» встречается реже. Основной вариант — Пасекун — сохранил исходное звучание прозвища. Среди однокоренных фамилий — Пасеков, Пасечник, Пасечников, но Пасекун стоит особняком именно благодаря суффиксу, подчёркивающему активное действие, а не принадлежность к месту.