Фамилия Патапеня — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Формант -еня в белорусской и украинской ономастике — это уменьшительно-ласкательный суффикс, который превращал полное имя или прозвище в семейно-бытовое. То есть Патапеня — это не просто «сын Патапа», а скорее «маленький Патап» или «Патапчик», причём в значении не возраста, а родственной близости: так могли звать младшего члена семьи или того, кого выделяли ласковым обращением.

Основа фамилии — крестильное имя Патап (каноническая форма Патапий, от греческого «потапиос» — «пришедший из Египта»). В народной среде имя часто сокращали до Патап, а от него уже образовывали прозвища и фамилии. Географически фамилия Патапеня почти наверняка родом из северо-восточной Беларуси (Витебщина, Могилёвщина) или прилегающих районов Смоленщины, где суффикс -еня особенно продуктивен и встречается в фамилиях наподобие Коваленя, Гриценя, Иваненя.

В отличие от более распространённых Патапов или Патапенко, модель на -еня осталась локальной и не вышла за пределы говоров, где это окончание воспринималось как естественное. В документах XVI–XVII веков такие формы фиксировались как прозвища: «Патапеня» могло означать человека по имени Патап, но с оттенком «наш, свой, младший». Позже, когда фамилии закрепились, этот оттенок стёрся, оставив лишь звучание, которое для носителя из другого региона кажется необычным.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что основа не имя, а прозвище от диалектного «патап» — неуклюжий, медлительный человек. В таком случае Патапеня — это сын или потомок того, кого прозвали Патапом. Но против этого говорит распространённость имени Патап в святцах: скорее всего, перед нами именно крестильный вариант, а не прозвищный. Спор решается просто — если в роду сохранилось предание о том, что предок был Патапом по имени, версия с именем правдоподобнее.