Фамилия Потапеня относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Потап. Согласно первой точке зрения, оно заимствовано из греческого языка и означает «пришелец, чужак, странник». По другой версии, имя Потап переводится с латинского как «овладевший». Поэтому Потапеня буквально понималось как «сын Потапа».