Фамилия Паукшто — один из тех редких случаев, когда географический акцент слышен прямо в окончании. Суффикс «-то» в русских фамилиях почти не встречается, зато характерен для литовских и латышских фамилий. Перед нами, скорее всего, литуанизированная или полонизированная форма, которая бытует в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Литвы и Беларуси. Основа фамилии — «паук» — славянское и балтское название паука. В литовском языке «voras» означает паука, но есть и диалектное «paukas», а также глагол «paukšti» — плести, опутывать. Таким образом, Паукшто могло быть прозвищем ткача, прядильщика или человека, который занимался плетением корзин, сетей. Возможно, прозвище носило переносный смысл: так могли назвать хитрого, изворотливого человека, который «плетет паутину» интриг.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключенная, связывает фамилию с литовским словом «paukštis» — птица. В этом случае Паукшто — фонетическое искажение от «Паукштис», то есть «птичий», «птицелов» или человек с птичьей внешностью (например, с острым носом). Однако литовское «paukštis» дало бы скорее фамилию Паукштис, а не Паукшто. Форма на «-то» чаще указывает на белорусскую адаптацию литовской основы через польское влияние, где окончание могло закрепиться как «-то» вместо «-тис».

Фамилия Паукшто не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XIX веке, когда у литовских и белорусских крестьян массово появились фамилии. Встречается она крайне редко: по современным данным, носителей Паукшто в России не больше нескольких десятков, и почти все они — потомки выходцев из западных губерний, возможно, из-под Вильно или Гродно. Фамилия не изменила написания за последние сто лет: в метрических книгах и советских паспортах она писалась одинаково, без вариантов вроде Паукшта или Паукшты.