Фамилия Паймурзин на первый взгляд выглядит как типичная русская патронимическая фамилия с суффиксом -ин, но её основа выбивается из привычного ряда. Она явно не образована от церковного или славянского имени. Корень «Паймурз» — это, скорее всего, искажённое мусульманское имя, распространённое у тюркских народов, в первую очередь у татар и башкир.

Слово «Паймурза» (или «Баймурза») состоит из двух частей: «бай» (богатый, знатный, господин) и «мурза» (князь, представитель знати). В татарской ономастике имя Баймурза было довольно популярно, особенно у служилых татар и мелких феодалов. Паймурзин — это русифицированная форма отчества «сын Паймурзы» (или Баймурзы). Переход «б» в «п» в начале слова — частое явление при адаптации тюркских слов русским произношением (ср. башмак — пашмак в диалектах, или Байрам — Пайрам).

Географически фамилия Паймурзин почти наверняка имеет корни в Поволжье или Приуралье. Она встречается у татар-мишарей, а также у крещёных татар (кряшенов), которые после принятия православия получали фамилии от имён отцов. В некоторых случаях фамилия могла закрепиться и у русских крестьян, живших в тесном соседстве с татарами, если прозвище Паймурза дали зажиточному или властному человеку.

В отличие от фамилий на -ов, суффикс -ин указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный. В данном случае основа «Паймурз» (от Паймурза) идеально вписывается в эту модель. Если бы фамилия образовывалась от имени Баймурза напрямую, она могла бы звучать как Баймурзин, но форма Паймурзин закрепилась именно в том виде, в каком имя звучало в устной речи.

Таким образом, фамилия Паймурзин — это не случайное сочетание звуков, а свидетельство межэтнических контактов и социального статуса предка. Её носитель в XVI–XVII веках, вероятно, происходил из тюркской служилой среды или был потомком человека, которого за богатство и власть прозвали «князем» или «господином».