Фамилия Педорин образована от женского имени Педора — украинского просторечного варианта крестильного имени Феодора. Славянским языкам был чужд звук «ф», поэтому в заимствованных именах его часто заменяли на «п» или «х»: так Федора превращалась в Педору. Само имя Феодора — женский аналог имени Феодор (Фёдор), восходящего к древнегреческому Theodoros, то есть «божий дар». Покровительницами имени считаются царица Феодора Греческая, восстановившая почитание икон (память 11 февраля), преподобная Феодора Кесарийская (30 декабря), преподобная Феодора Нижегородская (16 апреля) и другие.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Педорин буквально значит «сын Педоры» или «человек из рода Педоры». Такая модель типична для фамилий, образованных от женских имён, что встречается реже, чем от мужских, и обычно говорит о том, что родоначальницей была женщина — вдова, мать или хозяйка дома, чьё имя закрепилось за детьми. Впрочем, возможен и другой путь: в некоторых говорах Педорой могли в шутку называть мужчину, но эта версия менее убедительна, поскольку женское имя в основе фамилии — явление известное и распространённое.

Фамилия Педорин — редкая, с ярко выраженной южнорусской или украинской окраской, что подтверждается фонетическим переходом «ф» в «п». Сравните с однокоренными фамилиями: Федорин, Федоринцев, Хведорин — все они восходят к одному имени, но сохранили разные диалектные формы. Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому точно определить место и время возникновения рода Педориных можно лишь по генеалогическим документам, но сама модель указывает на XVII–XIX века, когда отчества и прозвища массово закреплялись в качестве наследственных фамилий.