Фамилия Пекарниковы принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Пекарник — так в старину называли человека, который пёк или продавал хлебные и мучные изделия: пироги, блины, пышки, калачи и прочую выпечку. Родоначальник Пекарниковых, судя по всему, был ремесленником-хлебопёком либо торговал печёным товаром, и это занятие закрепилось за ним в виде прозвища, которое затем перешло к потомкам.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русского именослова. Прозвище Пекарник построено с помощью суффикса -ник, который обозначает лицо по роду деятельности или занятию (ср. мельник, плотник, бочар). От него, в свою очередь, по стандартной патронимической схеме возникла фамилия Пекарников: суффикс -ов указывает на принадлежность потомку, то есть буквально «сын Пекарника». Такой двухступенчатый путь — от названия ремесла к прозвищу и затем к фамилии — хорошо прослеживается у множества русских родов, связанных с профессиями.

Интересно, что фамилия Пекарников сохранила в своей основе более архаичную форму слова «пекарь». В русских говорах слово «пекарник» встречалось наряду с «пекарь» и «печник», причём последнее чаще относилось к мастеру по кладке печей, тогда как пекарник имел дело именно с выпечкой хлеба. Эта деталь отличает фамилию от более распространённых Пекаревых или Печниковых и указывает на возможную региональную привязку предков: форма с суффиксом -ник характерна для северных и восточных говоров, где такие названия ремёсел были особенно употребительны.

Точное время и место возникновения фамилии Пекарниковы сейчас установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и проходил в разных землях не одновременно. Однако сам факт, что фамилия дошла до наших дней, говорит о том, что род Пекарниковых в своё время закрепился в определённой местности и вёл оседлый образ жизни. Несмотря на отсутствие сведений о конкретных носителях в исторических документах, фамилия Пекарников остаётся выразительным памятником славянской письменности и культуры, сохранившим память о будничном, но важном ремесле, кормившем не одно поколение предков.