Фамилия Пекарникова — женская форма фамилии Пекарников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: основа плюс суффикс принадлежности -ов, который в женском роде превращается в -ова. То есть Пекарников — это буквально «чей?» — «сын Пекарника». А вот слово «пекарник» — редкое, но прозрачное. В русских говорах так называли того, кто печёт хлеб, то есть пекаря. В словаре Владимира Даля «пекарник» зафиксирован именно в этом значении, хотя в литературном языке закрепилась форма «пекарь». Получается, что предок носительницы фамилии был хлебопёком, владельцем пекарни или работником при печи.

Сложность в том, что суффикс -ник в слове «пекарник» может указывать не просто на профессию, а на принадлежность к чему-то: пекарник — это не только тот, кто печёт, но и тот, кто работает при пекарне, обслуживает печь. Такие названия ремесленников с суффиксом -ник встречаются в северных и центральных губерниях России. Географически фамилия Пекарников (и Пекарникова) наиболее характерна для Поволжья и Урала — эти регионы дали много фамилий от названий ремёсел, так как там активно развивалось мелкое производство и торговля хлебом.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, в отличие от более частых Пекарев или Пекарский. Это говорит о том, что «пекарник» — локальное диалектное слово, которое не вышло за пределы определённых говоров. Поэтому Пекарникова — фамилия с чётким профессиональным корнем, но с региональным оттенком: её носители происходят из мест, где говорили именно «пекарник», а не «пекарь». В документах XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются среди посадских людей и крестьян, занимавшихся хлебопечением на заказ или на продажу. Сословный состав, скорее всего, был мещанским или крестьянским, но точных данных по конкретным родам нет — фамилия осталась в тени более массовых аналогов.