Фамилия Пекер — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива. На слух она звучит по-русски, но её корни почти наверняка ведут не в славянские земли, а в еврейскую среду Восточной Европы. Искать здесь славянского «пекаря» (от слова «печь») логично, но лингвистически неверно: в русском языке агент на -арь, а не на -ер. Формант -ер — типичный для идиша и немецкого, где он образует названия профессий.

Самая прямая и распространённая версия: Пекер — это профессиональное прозвище от идишского פּעקער (peker), что означает «упаковщик», «тюковщик» или «носильщик». В местечках черты оседлости так могли называть человека, который занимался упаковкой товаров, грузил тюки на телеги или работал на складе. Ремесло было не самым престижным, но востребованным в торговых местечках. Фамилия закрепилась в документах Российской империи в конце XIX века, когда евреям вменили в обязанность иметь постоянные фамилии.

Существует и менее очевидная, но тоже возможная версия. Пекер могло быть вариантом фамилии Пеккер, восходящей к немецкому Pecker — «дровосек» или, в диалектах, «тот, кто долбит, клюёт». Однако в среде ашкеназских евреев Германии и Польши эта фамилия встречается гораздо реже, чем в Российской империи, где форма Пекер фиксируется в метрических книгах Киева, Одессы и местечек Волыни.

География фамилии подсказывает: Пекер — фамилия преимущественно еврейская. В дореволюционных списках избирателей и ревизских сказках она встречается в Подольской, Киевской и Херсонской губерниях. После эмиграционных волн конца XIX — начала XX века носители фамилии оказались в США, Аргентине и Палестине. В современной России фамилия редкая, и её носители — почти всегда потомки тех, кто переехал в советское время из западных регионов.

Словообразовательный разбор прост: корень пек- (от идишского рек — «пакет», «тюк») плюс суффикс деятеля -ер. Никакого славянского суффикса -ов или -ин здесь нет, что и выдаёт нерусское происхождение. Если бы фамилия была от пекаря, мы бы увидели Пекарев или Пекарский. Пекер — это прямая транслитерация, без русификации, что характерно для многих еврейских фамилий, записанных чиновниками на слух.

Встречается также вариант ударения: в идише ударение падает на первый слог — Пéкер, но в русском языке часто смещается на второй — Пекéр, по аналогии с другими заимствованными фамилиями.