Фамилия Пекшев образована от личного прозвища Пекш и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ев». Этот суффикс указывал на принадлежность: Пекшев буквально означает «сын Пекша», «из рода Пекша». Такая словообразовательная модель была типична для северных и центральных русских земель в XV–XVII веках, когда фамилии закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

В основе прозвища лежит диалектное слово «пекша» — «маленький горшок, чугунок, кашничек». Если следовать этой версии, то основатель рода Пекшевых мог быть гончаром, торговал посудой или же просто получил насмешливое прозвище за любовь к еде или небольшую округлую фигуру, напоминающую горшок. Прямых документальных подтверждений тому, что все Пекшевы происходят именно от гончаров, нет, но связь с утварью выглядит убедительно: слово «пекша» фиксируется в говорах и имеет четкое предметное значение.

Существует и вторая, менее бытовая версия, связывающая прозвище с гидронимом Пекша — рекой во Владимирской области, притоком Клязьмы. В этом случае Пекшем могли называть человека, который жил на берегу этой реки или переселился с ее берегов. Такая практика — давать прозвища по рекам и озерам — была широко распространена в Древней Руси, поэтому версию нельзя отбрасывать. Однако стоит заметить: если бы прозвище произошло от гидронима, мы чаще встречали бы фамилию Пекшин (по модели «с реки Пекши»), тогда как форма Пекшев указывает на прямое прозвище Пекш.

Точное место и время возникновения фамилии Пекшев сейчас назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по крестьянским родам часто не сохранились. Можно предположить, что фамилия закрепилась где-то в центральной России, в зоне пересечения владимирских и московских говоров, где бытовало слово «пекша» и протекала одноименная река. В любом случае, фамилия Пекшев — это живой след прозвища, которое когда-то точно и метко описывало своего первого носителя, будь то гончар или житель речного берега.