Фамилия Пекшина — женская форма фамилии Пекшин, а та образована от прозвища или нецерковного имени Пекша. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «пекша», которое в разных говорах означало разные вещи. Самый прямой вариант — «пекша» как «пеклеванный хлеб» или «мука тонкого помола», то есть прозвище могли дать пекарю, мельнику или просто человеку, любившему белый хлеб. В этом случае фамилия — профессиональная, как Мельников или Хлебников, но с более узкой, региональной привязкой.

Однако есть и другая, не менее вероятная версия. В псковских и тверских говорах «пекша» — это «человек с большим животом» или «обжора». Прозвища по внешности или поведению давали часто, и «Пекша» могло закрепиться за полным, плотным человеком. Третья, более редкая гипотеза связывает корень с диалектным глаголом «пекшить» — «медлить, копаться». Тогда Пекшей звали нерасторопного, медлительного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пекшин — сын Пекши. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (как Гришин, Ильин). Географически фамилия Пекшины встречается в основном в центральных и северо-западных областях России — в Тверской, Новгородской, Псковской, а также в Вологодской. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение слова: ареал бытования фамилии совпадает с зоной распространения соответствующих говоров.

Среди однокоренных фамилий — Пекшев, Пекшинский. Разница в суффиксе: Пекшев могла возникнуть от формы Пекш (с нулевым окончанием), а Пекшинский — от названия населенного пункта вроде Пекшино или Пекша. Такие деревни действительно есть, например, Пекшино в Костромской и Ивановской областях. В этом случае фамилия могла стать топонимической: предок Пекшиных — выходец из деревни Пекшино. Но это уже вторичная версия, так как суффикс -ин в русских фамилиях чаще отчественный, чем географический.

В любом случае, фамилия Пекшина — не из самых распространенных, но с ясной, прозрачной этимологией, которая упирается в живое диалектное слово. Что именно значило это слово для конкретного предка — «хлеб», «толстяк» или «копуша», — без дополнительных генеалогических данных сказать трудно, но все три варианта по-своему бытовые и узнаваемые.