Фамилия Пекшин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я, и означал он «чей?» — то есть «сын такого-то человека» или «принадлежащий ему». В данном случае основа — Пекша.

Что скрывается за этим прозвищем или именем Пекша? Самый прямой путь — диалектное слово «пекша» или «пекша́». В ряде русских говоров, особенно северных и владимирских, так называли человека с большим, выпяченным животом, пузана. Прозвище давали по заметной внешней особенности, и оно легко закреплялось за родом. Второе значение того же слова — медлительный, неповоротливый человек, «тяжелодум». Обе характеристики — из бытовой наблюдательности: предок Пекшин мог быть либо заметно полным, либо нерасторопным.

Есть и гидронимическая версия. Река Пекша — известный приток Клязьмы во Владимирской области. В этом случае основание фамилии — не прозвище, а прозвание человека, жившего на этой реке: «пекшинский» со временем сократилось до Пекшин. Такая модель встречается реже, но для фамилий, привязанных к конкретному водному объекту, она вполне естественна. Владимирская земля — один из вероятных очагов распространения фамилии.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где отчества и прозвища на -ин были нормой: крестьянской, посадской, служилой. Дворянские фамилии чаще оформлялись суффиксом -ов или -ский, поэтому Пекшины — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, получившие фамилию по отцу или деду.

Встречается и вариант ударения: Пекши́н или Пе́кшин. Первый вариант логичнее, если в основе лежит прозвище Пекша́ (с ударением на конце), второй — если основа Пекша произносилась с ударением на первый слог, как название реки. В современных носителях ударение может различаться в зависимости от местности.