Фамилия Пекшеева — женская форма, а мужская, Пекшеев, образована по стандартной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный, шипящий или «ц». В данном случае основа — Пекшей, и именно в ней кроется главная загадка.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Пекша, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «пекша». В северных и сибирских говорах так называли брюкву, репу или турнепс — корнеплод, который пекли в печи. Человек мог получить такое прозвище либо за любовь к этому блюду, либо за внешнее сходство — круглый, плотный, «как печёная репа». Модель перехода проста: Пекша → Пекшин сын → Пекшеев, где «Пекшей» — это древнерусская форма притяжательного прилагательного (чей? — Пекшеев). Фонетически это звучит естественно: «Пекша» даёт «Пекшеев» через чередование ш/ш.

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от глагола «пекши» — устаревшей формы слова «печь». В этом случае прозвище Пекша мог получить пекарь или человек, постоянно стоящий у печи. Но лингвистически это менее убедительно: от глагольной основы «пек-» (печь, пеку) типичнее было бы образование фамилии Пеков или Печников. Пекшеев же явно указывает на именную основу.

Фамилия редкая. Её география, судя по данным открытых источников, тяготеет к Поволжью и северо-западным регионам России, что косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «пекша» было в ходу. Встречается она и в Чувашии, но там, вероятно, имеет тюркские корни (от имени Пекшей, восходящего к «бек» — господин), и это уже совсем другая история. В русском контексте фамилия Пекшеева — редкий пример, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а простонародное, почти забытое название овоща.