Фамилия Пекшуева — женская форма фамилии Пекшуев, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на «-ев» указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или «й». В данном случае основа — «Пекшуй». Это редкая основа, и её происхождение неочевидно, что делает фамилию интересной для этимолога.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Пекшуй, которое могло быть образовано от глагола «пекши» — устаревшей формы инфинитива «печь» (сравните: «печь» — «пекши» в диалектах). Человек, которого называли Пекшуй, мог быть пекарем, хлебопёком или иметь какое-то отношение к печи, жаркому делу. Суффикс «-уй» в русских прозвищах часто придавал оттенок действия или свойства (например, «ворочай», «кидай»), так что Пекшуй — это «тот, кто печёт», «пекарь». Версия с тюркским корнем (например, от «бек» или «пакша») маловероятна для центральной России — фамилия Пекшуева географически тяготеет к северным и вологодским говорам, где слово «пекши» было в ходу.

Встречается и альтернативная гипотеза: прозвище могли дать от диалектного «пекша» — так в некоторых областях называли неуклюжего, неповоротливого человека. Но это менее надёжно, так как слово «пекша» редкое и не имеет устойчивой фиксации в ономастических словарях. Более правдоподобно, что фамилия отражает профессиональное занятие: предки носителей фамилии Пекшуева были пекарями или работали с печным делом.

В сословном отношении фамилия Пекшуев (и её женская форма) относилась к крестьянской среде, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян с такой фамилией в окрестностях Великого Устюга. Сегодня фамилия редкая, но сохранилась в тех же регионах, а также среди потомков переселенцев в Сибирь. Её уникальность — в сохранении архаичной глагольной формы, что делает Пекшуеву живым свидетельством севернорусской диалектной речи.