Фамилия Пекушева образована от мужского варианта Пекушев, и её разумнее разбирать именно через мужскую форму. Основа здесь — прозвище или мирское имя Пекуш. В русской ономастике суффикс -уш- часто служил для образования уменьшительно-ласкательных или просто обиходных форм личных имён и прозвищ. В данном случае корень, скорее всего, восходит к глаголу «печь»: Пекуш — это тот, кто печёт, то есть пекарь, или же человек, получивший такое прозвище за любовь к печёному. Модель «глагольная основа + -уш» давала прозвища по роду занятий или характерным действиям (например, Вертуш, Крикуш, Пекуш). Фамилии на -ев, а не на -ов, указывают на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (Пекуш → Пекушев).

Есть и другая, менее очевидная, но лингвистически допустимая версия. В некоторых говорах «пекуш» могло быть производным от диалектного слова «пекуша» — так в ряде областей называли небольшую печь или хлебную лепёшку. Тогда прозвище могло относиться к человеку невысокого роста или круглолицему. Однако первая версия — профессиональная — выглядит убедительнее, потому что прозвища по ремеслу были массовыми и устойчивыми.

Фамилия Пекушев фиксируется преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской и Архангельской губерниях, где печное дело и хлебопечение были основой быта. Встречается она и в Поволжье, но реже. Сословная принадлежность носителей, судя по архивным записям XIX века, была в основном крестьянской и мещанской — люди, для которых хлеб был и едой, и промыслом. Никаких дворянских родов Пекушевых не известно, так что фамилия осталась в своей среде — без гербов и титулов, зато с ясным и тёплым корнем.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Печников, Пекарев, Пекунов, — то Пекушев выделяется именно уменьшительной формой основы. Это не просто «сын пекаря», а скорее «сын Пекуша», то есть человека, которого в своём кругу называли ласково или по-свойски, по его главному занятию. Такая деталь — суффикс -уш — делает фамилию не просто профессиональной, а чуть более личной, домовой.