Фамилия Пекушев — редкий пример, где корень угадывается не сразу, а при ближайшем рассмотрении открывает неожиданные пути. Основа здесь — «пекуш» или «пекушь». Самое прямое объяснение лежит на поверхности: пекуш — это тот, кто печёт, то есть пекарь. В русских говорах слово «пекуш» (или «пекун») действительно фиксировалось в значении «хлебопёк», «пекарь». Человек, носивший такое прозвище, скорее всего, занимался выпечкой хлеба — ремеслом, которое в крестьянской среде было и почётным, и повседневным. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: буквально «сын Пекуша».

Однако есть и вторая версия, более тонкая. В некоторых диалектах, особенно на северо-востоке, «пекуш» могло означать не человека, а животное — например, суслика или хомяка, то есть того, кто «печёт» нору, роет. Прозвища по сходству с животными в русской ономастике обычны: Зайцев, Волков, Бобров. Пекушев в этом ряду стоит особняком — прозвище от грызуна давали либо за внешность (щёки, суетливость), либо за характер (запасливость, скрытность). Эта версия менее распространённая, но лингвистически состоятельная.

Словообразовательная модель фамилии типична для восточнославянского ареала: основа на шипящий «ш» плюс суффиск «-ев». Такая форма характерна для регионов, где прозвища оканчивались на твёрдый согласный (в отличие, скажем, от фамилий на «-ин» от основ на -а/-я). По данным исторических словарей, фамилия встречается в основном в центральных и поволжских областях России, что косвенно указывает на зону распространения диалектного слова «пекуш» в значении «пекарь».

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Пекушева нет, но модель «основа глагола + -уш» продуктивна: ср. Вертушев, Крикушев, Молчушев. Таким образом, фамилия вписана в общую систему, хотя и остаётся локально редкой. Носители Пекушевых могли быть как потомственными пекарями, так и крестьянами, получившими прозвище за манеру поведения или внешность — без архивных записей конкретной семьи выбрать одну версию сложно.