Согласно одной из них, она образована от имени Пеня – уменьшительной формы имени Пётр (в переводе с древнегреческого означает «камень, скала»). Фамилии, образованные от имени Пётр и его производных, входят в десятку самых распространённых в России (на некоторых территориях до 6-7 человек на тысячу) и на Украине. Согласно другой версии, фамилия Пенчук ведёт начало от прозвища Пень, которое восходит к аналогичному нарицательному. Таким образом, прозвище Пень мог получить человек невысокого роста или с заурядными интеллектуальными способностями.