Фамилия Пенисов — один из тех случаев, когда современное звучание обманчиво, а корень лежит совсем не в той области, которую подсказывает интуиция. Вопреки возможным ассоциациям, основа здесь — не анатомическая, а географическая или прозвищная, и разобраться помогает словообразовательная модель.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Основа — Пенис. Но в русском языке слово «пенис» в значении «мужской половой орган» — это позднее заимствование из латыни, вошедшее в научный и медицинский обиход только в XIX–XX веках. В народной среде, где и складывались фамилии до XVII–XVIII веков, такого слова просто не существовало. Значит, искать нужно иное.

Наиболее вероятная версия: фамилия связана с прозвищем или именем Пеня (Пеня, Пень). В древнерусском языке «пеня» — это «пеня», то есть денежный штраф, взыскание. Прозвище Пеня мог получить либо сборщик штрафов, либо человек, сам часто их плативший. Форма Пенис — это патроним (отчество) в краткой притяжательной форме: «Пенин сын» → Пенин → со временем, под влиянием говоров или при записи в документах, конечное -ин могло перейти в -ис (как вариант просторечного произношения). В некоторых говорах «Пенис» — это и есть форма отчества от Пеня, аналогично тому, как от «Ваня» получается «Ванис» (вместо литературного Ванин).

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — топонимическая. В славянском мире встречаются названия населённых пунктов с корнем Пен-: Пени, Пенёво, Пеня. Человек, выходец из такого места, мог получить прозвище Пенис (то есть «пенский», «пенский житель»). Суффикс -ис в этом случае — результат адаптации польского или белорусского окончания -ич или -ец в русской среде.

Третья, самая спорная гипотеза — связь с диалектным словом «пеня» (пень, колода) или «пенистый». Но здесь нет убедительных исторических подтверждений, и эта версия обычно возникает из желания «облагородить» звучание фамилии.

Таким образом, носитель фамилии Пенисов, скорее всего, потомок человека по прозвищу Пеня — либо сборщика штрафов, либо того, кто жил в местности с названием Пени. Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. В официальных документах XIX века такие фамилии могли записывать по-разному: Пенисов, Пенисовъ, реже — Пенисовский, что подтверждает неустойчивость формы.