Фамилия Пинисов — редкая и неочевидная на первый взгляд. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить современное звучание и посмотреть на словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть исходная основа — Пинис. Сама фамилия образована от прозвища или имени Пинис, которое, скорее всего, является усечённой формой полного крестильного имени. Если отталкиваться от православных святцев, то в основе может лежать имя Пинна (от греческого «пинакс» — доска, табличка) или же редкое имя Пинхас (еврейского происхождения, из Ветхого Завета). В бытовой речи такие имена легко сокращали до короткого Пиня, а форма Пинис могла возникнуть как просторечный вариант с характерным для некоторых говоров окончанием -ис (сравните: Кузьма — Кузмис, Фома — Фомис).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «пин» или «пиня», которое в некоторых русских говорах означало «пенёк», «коротышка» или даже «упрямец». В этом случае прозвище Пинис могли дать человеку невысокого роста или с тяжёлым характером. Однако крестильная версия выглядит убедительнее, так как фамилии на -ис чаще всего фиксируются именно в среде, где церковные имена подвергались сильному бытовому искажению.

Фамилия не относится к числу дворянских или старомосковских. Скорее всего, её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды центральных или северных губерний России, где сохранялись архаичные формы имён. Географически фамилия крайне редка и сегодня встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её позднее закрепление в этих регионах в XVIII–XIX веках.

Ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Пинисов, и Пинисов. Первый вариант (на первый слог) ближе к исходному имени Пиня, второй — к книжному Пинхас. При этом в официальных документах чаще фиксируется ударение на второй слог, по аналогии с фамилиями на -ов от двусложных основ (Сидоров, Петров).