Фамилия Пинис — редкий случай, когда носитель фамилии почти наверняка может определить её происхождение, не заглядывая в словари. Она не вписывается в типичную модель русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, и её основа не имеет славянских корней, понятных на слух. Это сразу указывает на иноязычное, скорее всего, еврейское происхождение.

В основе фамилии лежит мужское личное имя Пинис — вариант библейского имени Пинхас (Пинхас, Финеес). В иудейской традиции это имя носил внук Аарона, известный своей ревностью к вере. В ашкеназской среде, особенно на территориях бывшей Речи Посполитой и Российской империи, имя Пинхас часто сокращалось или видоизменялось в разговорных формах: Пини, Пиня, Пинис. Фамилия, таким образом, образована напрямую от патронимической основы — от имени отца или деда.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для еврейских фамилий Восточной Европы: имя собственное без дополнительных суффиксов становится фамилией (ср. Абрам, Берл, Ицхок). Суффикса -с в конце — не русский патронимический суффикс, а окончание имени (Пинис), которое закрепилось в фамилии. В русском языке такая фамилия склоняется по второму склонению (Пиниса, Пинису), что нехарактерно для исконно русских фамилий на -с, но нормально для заимствованных.

Географически фамилия Пинис наиболее вероятна среди еврейского населения Литвы, Беларуси и северо-западных областей Украины — регионов, где было распространено идишское произношение имени Пинхас как «Пинис». В документах XIX — начала XX века, включая метрические книги и ревизские сказки, такую фамилию можно встретить в городах и местечках Ковенской, Виленской, Гродненской губерний.

Носители фамилии Пинис, скорее всего, не принадлежали к какому-то одному сословию: среди них могли быть и ремесленники, и торговцы, и раввины. Сама фамилия не указывает на род занятий — она чисто патронимическая, то есть «сын Пиниса». В современной России и странах бывшего СССР фамилия остаётся редкой, и встретить её можно преимущественно в среде потомков литваков (литовских и белорусских евреев).