Основой фамилии Пентишкина послужило церковное имя Пантелей. Имя Пентишка, вероятно, представляет собой производную форму имени Пантелей, которое в просторечии иногда звучало как Пентелей. Это имя в переводе с греческого означает «всемилостивый». Скорее всего, основатель рода Пентишкиных был человеком из простого сословия. Менее вероятно, что в основе фамилии Пентишкина лежит прозвище Пентишка, которое образовано от нарицательного «пентюх». Пентюхом в просторечии называют неуклюжего или полного человека, а также простака. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пентишка, со временем получил фамилию Пентишкина.