Фамилия Перагин — редкая и с неочевидной основой. На первый взгляд она похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Перагин, то есть сын или потомок Пераги. Но что скрывается за словом «Перага» — главный вопрос.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «пера» или «перо». В северных и сибирских говорах «пера» могло означать не только птичье перо, но и нечто острое, колющее, а также — в переносном смысле — бойкого, задиристого человека. Прозвище Перага могли дать либо за профессию (например, писарю, скорняку, работавшему с пером), либо за характер — ершистому, «колючему» человеку. Суффикс -аг- в основе (Пераг-а) — характерный для русских прозвищ, ср. Воряга, Шуляга, Коряга. Он придаёт слову разговорный, даже несколько пренебрежительный оттенок.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с тюркским словом «пер» (давать, дар) или с именем Пера (сокращение от Перфилий, старое русское имя). Однако в таком случае фамилия скорее имела бы форму Перин или Перфильев, а не Перагин. Географически фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает её русское, а не инородческое происхождение.

Таким образом, предок носителя фамилии Перагин, скорее всего, был человеком с прозвищем Перага — возможно, писцом или острым на язык, задиристым мужиком. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ.