Фамилия Пирагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов/-ев, что сразу наводит на мысль: перед нами не отчество от крестильного имени, а скорее прозвище или географическая привязка.

Основа фамилии — «Пираг» или «Пирага». В русском языке такого слова нет, зато оно встречается в тюркских языках. В татарском, башкирском и казахском «пирак» (вариант «пирағ») означает «далеко», «отдалённый». Прозвище Пирага могли дать человеку, который пришёл издалека, или тому, кто жил на отшибе, в глухом месте. Такая модель образования фамилий (без суффикса, с нулевым окончанием) характерна для тюркского влияния и встречается на юге России, в Поволжье и на Урале.

Другая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным русским словом «пирог». Но переход «г» в «г» (Пирог → Пирагин) фонетически неоправдан: в русском языке суффикс -ин присоединяется к основам на -а, а не на согласный. Если бы фамилия произошла от «Пирог», она звучала бы как Пирогов. Поэтому версия с тюркским корнем выглядит убедительнее.

Фамилия Пирагин почти не встречается за пределами России. По данным открытых источников, её носители сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — регионах, где веками жили тюркские народы и русские переселенцы. Это подтверждает гипотезу о восточном происхождении прозвища.

Что касается суффикса -ин, он здесь выполняет стандартную роль: превращает прозвище в фамилию по образцу «чей?» — Пирагин, то есть «сын Пираги» или «человек из рода Пираги». Сословная принадлежность предков неясна — фамилия могла возникнуть и среди крестьян, и среди служилых людей, осваивавших окраины государства.