Фамилия Пердежкина — женская форма фамилии Пердежкин, и её происхождение лежит в области русских прозвищ, образованных от глаголов или существительных, связанных с физиологическими процессами. Основа — «пердеть» (издавать газы), а суффикс -к- типичен для прозвищ, обозначающих действие или привычку: Пердежка — человек, который часто или громко пукает. Такие прозвища в русской деревне давали не столько с целью оскорбить, сколько для меткой характеристики, порой с долей юмора или снисходительности. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пердежкина, то есть жена, дочь или вдова Пердежки.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мирских имён (например, Петров — от Пётр), модели на -ин и -к- характерны для прозвищного пласта, особенно в северных и центральных губерниях России. Пердежкин — не уникальный случай: в ономастике известны однокоренные фамилии Пердюков, Пердилов, Пердюк, но Пердежкин встречается реже, что может указывать на локальное бытование. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна упоминает подобные основы как примеры «неприличных» прозвищ, которые, однако, не были редкостью в крестьянской среде до XVIII–XIX веков, когда фамилии стали закрепляться официально.

Сословная принадлежность носителей, скорее всего, крестьянская или мещанская: дворянские фамилии редко образовывались от столь откровенных основ. В метрических книгах XIX века Пердежкины могли записываться в сёлах, где прозвище передавалось по наследству, иногда смягчаясь в быту до шутливого «Пердяев» или «Пердунов». Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном в центральной России, что подтверждает её архаичный, почти исчезнувший характер.

Спорные версии, например, что основа могла восходить к диалектному «пердеть» в значении «лгать» или «хвастать», — маловероятны: ни один серьёзный источник (словарь Даля, работы Никонова) не фиксирует такого переносного значения. Таким образом, перед нами редкий пример фамилии-прозвища, прямо отражающей физиологическую особенность предка.