Фамилия Пердышкина — женская форма фамилии Пердышкин, и её происхождение лежит в области прозвищ, связанных с физиологией или поведением человека. Основа — слово «пердыш» или «пердышка», которое в русских говорах означало либо того, кто часто и громко испускает газы, либо, в переносном смысле, вялого, медлительного или слабого человека. Такие прозвища давали не столько для оскорбления, сколько для меткой характеристики — в крестьянской среде это было нормой: человека могли назвать по любой заметной черте, от храпа до походки.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность, то есть Пердышкин — «сын Пердышки» или «человек из рода Пердышки». Суффикс -ыш- в основе (перд-ыш) типичен для русских прозвищ, обозначающих носителя признака: «пердыш» — тот, кто пердит. Аналогично строились фамилии Сопышкин (от «сопеть»), Хрипушкин, Пискушкин. Фамилия нередкая для северных и центральных губерний России, где прозвищные фамилии на -ин были особенно распространены.

В ономастике нет единого мнения о том, считать ли такие фамилии «неблагозвучными» или «сниженными». Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит их к группе «физиологических» прозвищ, которые фиксировались в документах XVI–XVII веков без стыда — в писцовых книгах встречаются крестьяне Пердыш, Пердун, Пердюк. Например, в переписи Новгородской земли есть запись о Пердышке Окулове, сыне боярском, что доказывает: прозвище не было уделом только низших сословий.

В XX веке фамилия могла подвергаться «облагораживанию»: некоторые носители меняли её на созвучные — Перфильев, Першин, Перовский. Однако в современных телефонных справочниках Пердышкины встречаются в Тверской, Ярославской и Вологодской областях, что подтверждает её севернорусские корни. Сегодня фамилия звучит грубовато, но для историка она — свидетельство того, что в прошлом прямота прозвищ ценилась выше благозвучия.