Фамилия Пердюшкин — тот случай, когда прозвище предка звучит неожиданно для современного уха, но при этом укладывается в совершенно обычную словообразовательную модель. Основа здесь — глагол «пердеть» (издавать газы), который в древнерусском языке не нёс того грубого оттенка, что сегодня, а был прямым физиологическим обозначением. От этого глагола образовалось множество прозвищ: Пердя, Пердун, Пердюк. Суффикс -юшк- в основе указывает на уменьшительно-пренебрежительную или шутливую форму: Пердюшка — так могли назвать ребёнка, который часто пукал, или взрослого в насмешку, но без злобы. Затем стандартный патронимический суффикс -ин добавил значение «сын Пердюшки» или «человек из семьи Пердюшкиных».

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин чаще встречается в новгородских, псковских, тверских и московских землях, где прозвища на -ка активно переходили в фамилии. В южнорусских и украинских регионах на месте -ин стоял бы суффикс -енко (Пердющенко) или -ук (Пердющук), но Пердюшкин — однозначно северорусский вариант.

Сложность в том, что в современных словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) эта фамилия не фиксируется как широко распространённая. Это редкий случай, и причина понятна: после закрепления литературной нормы и усиления табу на «неприличную» лексику такие фамилии нередко меняли — либо путём замены звуков (Пердюшкин мог стать Пердушкиным или даже Пардюшкиным), либо через полный отказ от фамилии при смене паспорта в советское время. Поэтому найти Пердюшкиных в современных базах данных — удача; скорее всего, их единицы, и живут они в глубинке, где фамилию не «исправляли» под стыдливость.

Есть и альтернативная, но маловероятная версия: связь с диалектным словом «пердюк» — так в некоторых говорах называли индюка (от звука, который он издаёт). Тогда Пердюшкин — потомок человека, державшего индюков или похожего на них походкой или голосом. Однако эта гипотеза слабее: звукоподражательное «пердюк» для индюка встречается редко и локально, а основное значение прозвища всё же связано с физиологией. В любом случае, перед нами не фамилия-табу, а обычное бытовое прозвище, которое три-четыре века назад никого не смущало.