Фамилия Пердюпук — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности и не требует сложных этимологических реконструкций. В её основе лежит глагол «пердеть» и существительное «пук» (звук или акт выпускания газов). Перед нами не описание конкретного человека, а скорее экспрессивное, шутливо-бранное прозвище, которое закрепилось за носителем в качестве фамильного имени.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия образована путём сложения двух основ (перд- + -ю- + пук) с последующим оформлением нулевым окончанием. Суффикс -юк в русских фамилиях встречается редко и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (ср. Костюк, Павлюк). Однако в случае с Пердюпук элемент -юк выполняет не столько патронимическую функцию (как «сын такого-то»), сколько соединительную гласную, превращая глагольную основу в цельное прозвище. Такая модель характерна для народной, диалектной ономастики, где прозвища давали по яркой, часто комичной черте поведения.

Вероятнее всего, фамилия возникла не в центральных великорусских губерниях, а на юго-западе России или на территории современной Украины и Беларуси, где подобные «говорящие» прозвища бытовали дольше и фиксировались в документах казачьих реестров или метрических книгах. Первым носителем мог быть человек, получивший такое прозвище в насмешку за неосторожность или физиологическую особенность, — в крестьянской и казачьей среде прямолинейность в именовании была нормой.

Важно отметить, что фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, как иногда пытаются объяснить неблагозвучные русские фамилии. Это исконно славянское образование, и его значение полностью прозрачно для носителя языка. В дореволюционных источниках фамилия могла записываться в искажённом виде — Пердюпюк, Пердюпуков (под влиянием стандартной модели на -ов), но исходная форма сохранилась именно в кратком, «прозвищном» варианте. Сегодня это одна из самых редких и выразительных русских фамилий, чья история — прямой срез народного юмора и языковой непосредственности.